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高通量篩選服務
在全基因組范圍內,通過siRNA篩選出細胞行為相關的基因已成為藥物化學、生命科學研究的常規手段。高通量篩選技術可平行分析成千上萬條基因的功能,迅速、全面地鑒定出與細胞功能相關的基因,以及疾病治療的藥物靶基因,保證研究成果更為系統、新穎、準確。
服務內容:
目前提供如下規模文庫篩選
1)全基因組siRNA文庫 (21585 genes)
2)人類全miRNA文庫及inhibitor (983×2)
3)細胞周期調節siRNA文庫 (131 genes)
4)去泛素化酶siRNA文庫 (127 genes)
5)磷酸化酶文庫 (257 genes)
6)細胞因子受體siRNA文庫 (319 genes)
7)G蛋白偶聯取EKBDsiRNA文庫 (516 genes)
0@8)細胞凋亡siRNA文庫 (558 genes)
9)蛋白激酶siRNA文庫 (779 genes)
10)訂制siRNA文庫 (100-2000 genes)
篩選流程
1、提出篩選意向:客戶可以登陸我們的網站了解我們的服務內容,可以通過吉諾瑞網站上提供的篩選申請表格,或通過發電子郵件和電話提出篩選意愿。客戶在課題保密的基礎上,盡可能提供關于課題的背景資料,方便我們的研究人員做前期的調研。(加個網上篩選申請的鏈接)
2、確定篩選方案:公司資深研究員將根據篩選經驗,和客戶深入探討實驗思路,包括篩選模型的選擇或建立;對篩選文庫的確定,然后初步設計一個篩選方案。雙方將簽訂篩選合同及保密協議。篩選項目開始時,客戶需要支付一定比例的預付款。
3、優化篩選條件: 根據客戶提供或要求的具體細胞種類以及檢測方法(如生長、增殖、凋亡、遷移、分化、分泌等等),確定和優化篩選條件,包括細胞生長條件適應,細胞轉染效率的優化,篩選模型的測試和優化等等。
細胞轉染效率優化是整個siRNA篩選的關鍵。只有在比較好的轉染效率下,篩選才可行。
篩選模型的定量評估以及優化
為了預先摸索實驗條件,需要先進行預實驗。其中對預實驗結果的估算和判斷中,Z因素計算非常重要.
首先要肯定一個實驗模型在高通量篩選中的可行性,需要確定該模型在相互獨立的實驗中(例如每一次實驗都單獨開展,隨機選擇起始時間點,或以不同的方法完成)具有可重復并且合適的Z值。
每一個實驗模型都應首先在384孔中進行驗證。其中一半的孔進行陽性對照實驗,另一半的孔進行陰性對照實驗。這樣產生的實驗數據具有統計學意義,可對實驗條件進行準確比較。機器的使用或其他相關實驗條件,都在這些數據中得到了反映。為將不同的實驗條件進行分級,在進行對照組實驗后,對所收集得到的數據進行Z因素計算。
SD + = 陽性對照標準差
SD – = 陰性對照標準差
Ave + = 陽性對照平均值
Ave – = 陰性對照平均值
對于小分子篩選實驗,Z值大小代表的實驗模型合適程度如下:
1 > Z′ > 0.9 非常穩定可靠的實驗;
0.9 > Z′ > 0.7 穩定可行的實驗;
0.7 > Z′ > 0.5 可以接受的實驗條件,但是對于陽性結果的鑒定會顯著提高實驗效果;
0.5 = Z′ 進行小分子高通量篩選需要達到的最低標準;
這一份表格是在哈佛高通量篩選中心篩選人員提供大量的小分子篩選經驗基礎上建立起來。我們通常看到篩選的結果很少能達到預實驗中對照組那樣的高水平。同樣,細胞實驗通常也不會像在使用純蛋白實驗中那樣達到一個Z值那么高的水平。
對于RNAi篩選實驗, 我們的篩選經驗是:在實驗條件最優化時的Z值通常小于0.5.雖然如此,這些RNAi篩選實驗仍然可以順利進行。
4、小規模試篩:確定好細胞的篩選條件后,采用384孔板或SAMcell進行小規模篩選。大約篩選100個基因規模,以確保后續大規模篩選實驗的可重復性和條件穩定。
5、大規模siRNA文庫篩選: 針對客戶所選擇的siRNA或miRNA文庫進行大規模系統的篩選。
6、提交篩選報告:大規模篩選完成后,進行數據統計,整理分析實驗結果, 反饋給客戶。通過雙方溝通后決定后續操作,如陽性結果的驗證。
7、 Cherry pick-up的陽性結果驗證:對目的陽性結果,吉諾瑞將與客戶溝通,采用Cherry pick-up進行驗證,即選一些陽性結果進行驗證。
整個篩選周期大約3-6個月,取決于篩選文庫大小,篩選方案以及優化時間等因素。
篩選技術
1、常規孔板篩選方法:
常規的siRNA篩選是基于384 或96微孔板,采用一般轉染siRNA的方法或者反式轉染方法將siRNA導入細胞進行高通量的細胞功能篩選。其中反式轉染法由于操作方便,時間較短,常被高通量篩選采用。簡單講,預先將siRNA文庫里各條siRNA分別與轉染試劑混合,轉移到384微孔板中,然后將培養好的細胞接種到微孔板里,細胞被轉染siRNA。 經過48-72小時的培養,蛋白表達水平沉默后,通過高通量的微孔板讀數儀或高通量的掃描顯微鏡讀出孔板里的細胞信號。若這些細胞信號與參照細胞相比發生了變化,則認為相應的siRNA與研究的細胞過程相關,從而鑒定出相關的候選基因。
微孔板篩選雖然簡單明了,使用方便,適合于100-500個基因范圍的篩選。但是當篩選庫容量增大時,孔板篩選的成本將大大提高。比如,全基因組2萬個基因,若重復三次篩選,需做6萬次轉染、分析,因此使用的siRNA、轉染試劑、以及后續檢測用的抗體和底物需要量特別大。
2、芯片篩選技術
除了傳統的孔板篩選服務外,吉諾瑞針對大規模篩選需求,與北京大學席建忠教授合作,成功開發出先進的自組裝芯片芯片技術(SAMcell)。在玻璃蓋玻片上,細胞自組裝形成細胞島點陣,極大地提高了篩選通量。同時采用反向轉染技術,簡化了篩選過程,這將大大減少篩選中使用的siRNA和相應的試劑。
SAMcell技術已經大量應用于siRNA基因文庫及化合物庫高通量篩選。
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SAM cell技術流程:在芯片上點印siRNA或miRNA,接種細胞后,細胞在自組裝形成細胞島點陣,同時siRNA或miRNA自動轉染到對應的細胞小島,最后通過高內涵圖像掃描系統成像,分析實驗結果。
細胞島間無交叉污染:在20x20mm的蓋玻片上,細胞在自組裝形成點陣的同時轉染表達GFP的質粒,細胞小島間隔形成熒光點陣,而相鄰的細胞小島(沒有轉染GFP質粒)則沒有熒光信號。
儀器設備
ImageXpress Micro/Ultra-高內涵圖像自動掃描儀
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PE EnSpire? 多標記微孔板檢測儀
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??Agilent Bravo Liquid Handing Platform-液體工作站
詳細介紹:
(一)ImageXpress Micro/Ultra-高內涵圖像自動掃描儀
1、技術特點:
高效的高內涵系統ImageXpress,擁有在24 小時內進行近萬個高內涵數據點分析的能力。本設備能夠提供自動顯微CCD 成像或激光掃描PMT成像的同時提供大量藥物篩選和生物學分析的專業應用軟件包,能夠分析圖像中任意變化和改變,并將分析所得數據進行分類和統計分析,充分挖掘各種數據,保證了藥物篩選和生物學分析的高速性和準確可靠性。
2、應用領域:
ImageXpress系類HCS產品結合世界知名的圖像分析軟件MetaMorph 為基礎的MetaXpress和細胞信息學AcuityXpress 軟件能夠解決相關實驗中的幾乎所有問題。其包含的十八個應用模塊涵蓋了目前細胞生物學和藥物研發的熱點研究。這些模塊可以應用于腫瘤、免疫疾病、心血管疾 病、神經疾病、肥胖癥等的機理研究;涵蓋了細胞凋亡、信號通路、神經生長、血管生成、細胞活力、細胞核細胞器轉位、細胞表面位移、離子通道、GPCR已 知、未知受體、細胞增殖、細胞毒性分析、分子相互作用……等一系列的基礎和藥物研究。分析得到的數據可以追蹤每一個細胞的原始數據,非常適合QC 的管理。此外,用戶還可以根據自己實驗的特殊要求,點擊鼠標,即可實現編程獲得自己所需的應用模塊和功能。
(二)Agilent? Bravo Liquid Handing Platform-液體工作站
1、技術特點:
安捷倫Bravo自動化液體處理平臺是目前功能最豐富、速度最快、精確度最高的桌面型多功能液體處理系統。Bravo的九臺平板設計節省空間,使它可放置 于標準層流凈化罩中,進行細胞實驗或對有毒試劑做自動化處理。Bravo獨特的開放式設計使其不僅可以單獨使用,也可在其任一邊連接其他儀器以進行靈活整合。
設計緊湊:節省空間的九臺板設計,占地小,適合放置于層流凈化罩下。
移液精確:應用經過驗證的安捷倫Vertical Pipetting Station System高精度移液頭,能夠 從96孔板,3384孔板,1536孔板中精準移液0.1~200 μL。
功能豐富:擁有7種不同規格、易于更換的移液頭和眾多的可選配件,能夠滿足廣泛的試驗需求。
功能強大、易于整合:特有的開放式設計使其不僅可單機使用,亦可整合多種安捷倫自動化設備或第三方儀器,組成功能強大、運作高效的自動化系統工作站。
易于使用:Brovo由VWorks自動控制軟件操控。該軟件簡單易用,任何操作人員都可以輕松掌握。
2、應用領域:
常規液體處理
梯度稀釋
PCR前處理及純化
細胞實驗
過濾試驗及其他……
(三)PE EnSpire? 多標記微孔板檢測儀
1、技術特點:
EnSpire平臺是一個可靈活配置,提供高性能檢測功能和方便易用軟件的微孔板檢測器。該平臺經濟實用,可適合在各種規模的實驗室中進行研究。用戶可根據實驗需求,自由組合光吸收、熒光、Alpha和發光檢測模塊。
1. 業界領先的0.1nm步進的四光柵技術;
2. 熒光-光吸收分析;
3. 支持超靈敏的發光分析;
4. Alpha檢測技術;
5. 更寬范圍的溫度控制和熒光強度底部檢測功能;
6. 直觀的數據分析界面,使用方便的觸摸屏技術,大大降低了實驗設置的時間,也簡化了實驗操作步驟。
2、應用領域:
1. 光吸收檢測—進行核酸/蛋白的定量分析,ELISA實驗等;
2. 熒光檢測—滿足所有熒光定量分析的靈敏度要求;
3. 熒光底讀檢測—進一步提高了活細胞檢測的效果;
4. 超敏化學發光檢測—是很多細胞增殖、報告基因分析類常用的檢測手段,EnSpire提供了超高的靈敏度和線性范圍,尤其適合轉染率較低的實驗。
5. Alpha檢測技術(增強的化學發光接近均相技術)——操作簡單、方便,結果可靠,是進行各種靶標檢測和篩選的理想工具。
可用于蛋白組學、基因組學、藥物篩選、環境檢測、各種檢驗檢疫領域,可以進行核酸蛋白定量檢測、功能基因研究、酶動力學檢測、激酶檢測、受體結合研究、分子相互作用檢測、細胞活力檢測等。
服務收費
SAM-cell 細胞芯片高通量篩選siRNA,價格范圍從5-100元/genes,試劑費用另算,詳細咨詢敬請咨詢技術熱線:0512-87181780.
實驗數據
手冊包括siRNA高通量篩選的技術路線和一般步驟,了解更多詳情,請撥打我們的技術支持熱線400-690-0195詳細咨詢。
siRNA screen user manual.rar
應用實例
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公司名稱:上海吉瑪制藥技術有限公司
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