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smallRNA高通量測序服務(wù)
Small RNA 深度測序
small RNA 包括micro RNAs 和小干擾RNA。miRNA長19-25個(gè)核苷酸左右,由動(dòng)物和植物的基因組編碼產(chǎn)生的部分互補(bǔ)的雙鏈前體切割產(chǎn)生。miRNA 與小干擾RNA (small intering RNA,siRNA)有相似之處,后者是在RNA誘導(dǎo)的基間沉默或RNA 干擾(RNAi)中產(chǎn)生。動(dòng)物中si RNA 約有21-25nt,由多功能域核酸酶Dicer切割雙鏈RNA (ds RNA)產(chǎn)生。雙鏈的si RNA 進(jìn)入RNA 誘導(dǎo)復(fù)合物(RNA- induced silencing complex,RISC)中,找到與si RNA 雙鏈中的一條鏈完互補(bǔ)的的mRNA 并將其切割。這種基因沉默過程發(fā)生于動(dòng)物、植物以及某些酵母中。應(yīng)用新一代低成本快速測序技術(shù),提供解密小RNA 圖譜的方法,主要應(yīng)用于:新的Small RNA 的發(fā)現(xiàn)和驗(yàn)證,Small RNA表達(dá)譜分析等。吉瑪依據(jù)Ion TorrentTM個(gè)體化基因組測序儀(PGM)測序平臺(tái),開展了small RNA高通量測序服務(wù),可以根據(jù)客戶要求對(duì)測序數(shù)據(jù)進(jìn)一步分析:不同樣本間small RNA表達(dá)水平差異,鑒別rRNA,tRNA,snRNA,snoRNA并預(yù)測新的microRNA,預(yù)測microRNA的靶點(diǎn)基因。
實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)
使用方法
應(yīng)用實(shí)例
注意事項(xiàng):
1)樣品濃度要求:提供樣品濃度≥700 ng/μL、總量≥20μg 的總RNA 樣品,提取總RNA 時(shí)請(qǐng)不要使用Qiagen等公司的過柱試劑盒。
2) 純度要求:OD值應(yīng)在1.8至2.2之間。
3) 電泳檢測28S:18S至少大于1.5。
4) 請(qǐng)?zhí)峁悠肪唧w濃度、體積、制備時(shí)間、溶劑名稱及物種來源。
5) 運(yùn)輸
a) RNA 干粉:可室溫下或干冰運(yùn)輸。
b) RNA溶于酒精:加1/10倍體積的3M NaOAc,pH5.2;2.5倍體積100%酒精,混勻后保存于-80℃,干冰運(yùn)輸。
c) RNA溶于去DEPC水:濃度要求在700ng/μL以上,保存于-80℃,液氮或干冰運(yùn)輸。
6) 其它要求
樣品請(qǐng)置于1.5 mL離心管中,管上注明樣品名稱、濃度以及制備時(shí)間,管口用封口膜封口,管壁貼好標(biāo)簽并用膠帶纏好。將所有樣品管固定于50 mL帶蓋離心管中,再將50 mL管放在封口袋中。
使用冰袋或干冰運(yùn)輸,并且盡量選用較快的郵遞方式,以降低運(yùn)輸過程中樣品降解的可能性。
請(qǐng)同時(shí)附上樣品質(zhì)檢數(shù)據(jù),包括電泳膠圖、分光光度計(jì)或Nanodrop儀器檢測數(shù)據(jù)。
上海公司的聯(lián)絡(luò)方式如下:
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